PDB Symmetry

PDB 파일에 symmetry 정보가 들어 있음. 이것을 visualize 하려면 아래 링크 참조.
https://www.rcsb.org/pdb/staticHelp.do?p=help/viewers/jmol_symmetry_view.html

eg, PDB 2C2A
Symmetry view:
http://www.rcsb.org/pdb/ngl/ngl.do?pdbid=2C2A&bionumber=1 (with symmetry = C2)

PDB 파일에는 1개의 모델만 들어있음. Maestro 등에서는 symmetry 가 적용된 multimer를 display할 수 없음. --> 다른 프로그램에서 multimer 를 만들어 와야 함.
Using Chimera:
Chimera에서 PDB 파일 (eg, 2C2A)을 open.
Command line interface에서 'sym' 을 type한다.
File -> Save PDB.
문제는 이렇게 하여 저장된 PDB 파일에는 모든 모델의 chain name 이 'A'로 되어 있음.
각 모델을 'A', 'B', ... 로 바꿔줘야 함 (notepad++ 등 사용).